中小企業のM&Aでトラブルを防ぐには？税理士が解説する事業承継の注意点

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こんにちは、みそら税理士です。

今回は事業承継の注意点について記載します。

中小企業のM&Aでトラブルを防ぐには？税理士が解説する事業承継の注意点

中小企業の経営者にとって、後継者不足は重要な経営課題の一つです。

親族や社内に後継者がいない場合、第三者へ会社や事業を引き継ぐ「M&A」も、有力な選択肢となります。

一方で、M&Aの普及に伴い、仲介会社との契約や手数料、買い手企業との取引などをめぐるトラブルも課題となっています。

2026年10月9日付の日本経済新聞では、中小企業の事業承継に関して、悪質なM&A仲介業者を排除するための法整備が検討されていると報じられました。

M&Aは、会社の将来や経営者の引退後の生活にも関わる重要な意思決定です。

後悔のない事業承継を実現するためには、どのような点に注意すればよいのでしょうか。

今回は、税理士事務所の視点から、中小企業がM&Aを進める際に押さえておきたいポイントを解説します。

1．中小企業の事業承継でM&Aが注目されている理由

中小企業では、経営者の高齢化や後継者不足などを背景に、事業承継が大きな課題となっています。

これまでは、子どもなどの親族に会社を引き継ぐ方法や、社内の役員・従業員が後継者となる方法が一般的でした。

しかし、適切な後継者が見つからない場合、第三者への会社や事業の譲渡を検討するケースもあります。

M&Aによって事業を引き継ぐことには、次のようなメリットが考えられます。

• 後継者がいない場合でも、事業を存続できる可能性がある
• 従業員の雇用や取引先との関係を維持できる可能性がある
• 買い手企業の経営資源を活用し、事業の成長を目指せる
• 株式譲渡などの方法によって、経営者が保有する株式を現金化できる場合がある

ただし、M&Aは相手先が見つかれば必ず成功するというものではありません。

譲渡条件や契約内容、買い手企業の経営状況などを十分に確認する必要があります。

2．M&A仲介会社を利用する際に注意したいトラブル

M&Aでは、専門的な知識や交渉経験が必要となるため、仲介会社やフィナンシャル・アドバイザー（FA）などの支援機関を利用することがあります。

こうした支援機関は、相手先の紹介や条件交渉、契約手続きなどを支援してくれる一方で、契約内容や支援の進め方について、依頼する側が十分に理解しておくことも重要です。

例えば、次のような点には注意が必要です。

仲介手数料や契約条件が分かりにくい

M&Aの手数料は、着手金や中間金、成功報酬など、支払うタイミングや計算方法が支援機関によって異なります。

また、成功報酬の計算に用いる金額の基準や最低手数料によって、最終的な支払額が大きく変わる場合もあります。

契約を締結する前に、どのような業務を依頼できるのか、手数料はいくらになるのか、契約を途中で終了した場合に費用が発生するのかなどを確認しておきましょう。

買い手企業の信用力が十分に確認されていない

M&Aでは、譲渡価格だけでなく、買い手企業が契約内容を実行できるかどうかも重要です。

例えば、譲渡代金の支払い能力や、譲渡後の事業運営に必要な資金が確保されているかなどを確認する必要があります。

条件が良く見えても、買い手企業の財務状況や事業計画を十分に確認せずに契約を進めることは、リスクにつながる可能性があります。

契約後に想定していなかった問題が発生する

M&Aでは、最終契約の締結後も、契約に定めた義務の履行や経営者保証の取り扱いなどをめぐって問題が生じることがあります。

例えば、経営者個人が会社の借入金について保証している場合、会社を譲渡すれば自動的に保証が解除されるとは限りません。

譲渡後の保証の取り扱いについて、金融機関への確認や必要な手続きを含め、事前に整理しておくことが大切です。

3．M&Aに関する制度整備の動向

中小企業のM&Aをめぐっては、取引の安全性や支援の質を高めるための取り組みが進められています。

中小企業庁は「中小M&Aガイドライン」を公表しており、2024年8月には第3版へ改訂しました。

このガイドラインでは、仲介会社やFAの手数料・業務内容の説明、利益相反への対応、契約締結後に起こり得るリスクなどについて、確認すべき事項が示されています。

また、M&A支援機関登録制度では、登録された支援機関の情報や手数料の算定基準などを確認できます。

さらに、2026年10月9日付の日本経済新聞では、悪質なM&A仲介業者を排除するための法整備が検討されていると報じられています。

今後の制度整備によって、M&Aを利用する中小企業が安心して取引を進められる環境の整備が期待されます。

ただし、報道されている検討内容と、すでに施行されている制度は区別して把握する必要があります。

実際にM&Aを検討する際には、最新の公的情報を確認しましょう。

4．税理士の視点から確認したいM&Aのポイント

M&Aを進める際には、仲介会社や弁護士などの専門家に加えて、財務・税務の観点から会社の状況や譲渡条件を確認することも重要です。

税理士は、会社の財務状況や税務上の論点を整理し、経営者が判断するための情報を提供する役割を担います。

① 財務諸表や会社の財政状態を把握する

M&Aの条件を検討するうえでは、会社の売上高や利益だけでなく、資産・負債の状況も重要です。

例えば、次のような項目を確認します。

• 売上高や営業利益の推移
• 借入金やリース債務などの負債
• 売掛金や在庫などの資産の実態
• 役員借入金や未払金などの残高
• 将来発生する可能性のある費用や税務上のリスク

帳簿上の数値だけでは、会社の実態を十分に把握できないこともあります。

必要に応じて、残高の内容や取引の実態を確認し、M&Aの交渉に備えることが大切です。

② 株式譲渡と事業譲渡の違いを理解する

M&Aには複数の手法があり、代表的なものとして「株式譲渡」と「事業譲渡」があります。

株式譲渡は、会社の株式を買い手に譲渡する方法です。

一般的には、会社そのものが存続し、会社が保有する資産や負債、契約関係などは原則として会社に残ります。

一方、事業譲渡は、会社が営む事業の全部または一部を譲渡する方法です。

譲渡対象となる資産や契約などを個別に確認し、必要な移転手続きを進めることになります。

どちらの方法が適しているかは、会社の状況や譲渡対象、取引条件などによって異なります。

手続きの違いだけでなく、税務上の取り扱いや譲渡後の運営への影響も考慮して検討しましょう。

③ 譲渡に伴う税金や手取り額を確認する

M&Aでは、譲渡価格だけでなく、税金を差し引いた後に手元に残る金額も重要です。

例えば、株式譲渡の場合、売り手が個人か法人かによって課税関係が異なります。

また、事業譲渡の場合も、譲渡する資産や取引の内容によって税務上の取り扱いが変わります。

そのため、譲渡価格だけで判断するのではなく、税金や関連費用を考慮したうえで、最終的な手取り額を把握しておくことが大切です。

M&Aの手法や契約内容によって税務上の結論は異なるため、具体的な条件が決まる前の段階から専門家に相談することをおすすめします。

5．M&Aを成功させるためには早めの準備が大切

M&Aは、会社の将来を左右する重要な選択肢です。

実際に譲渡を検討し始めてから準備を進めるのではなく、早い段階から会社の状況を整理しておくことが望ましいでしょう。

具体的には、次のような準備が考えられます。

• 決算書や会計帳簿の内容を整理し、財務状況を把握する
• 借入金や経営者保証の状況を確認する
• 株式や事業用資産の保有状況を整理する
• M&Aの目的や希望する譲渡条件を明確にする
• 仲介会社やFAの業務内容、手数料、契約条件を比較する
• 譲渡に伴う税金や手取り額を事前に試算する

こうした準備を進めておくことで、相手先との交渉や条件の比較をより適切に行いやすくなります。

また、M&Aだけでなく、親族内承継や従業員承継など、複数の選択肢を比較することも大切です。

会社の状況や経営者の希望に応じて、納得できる事業承継の方法を検討しましょう。

6．事業承継・M&Aに関するご相談は当事務所へ

M&Aや事業承継を検討する際には、相手先の選定や契約条件だけでなく、会社の財務状況、税金、経営者個人への影響など、さまざまな観点から検討する必要があります。

当事務所では、会計・税務の観点から会社の現状を整理し、経営者の皆さまが今後の方針を検討するためのサポートを行っています。

「将来的に会社を譲渡することを考えている」
「後継者が決まっておらず、今後の事業承継に不安がある」
「M&Aを進めるにあたり、税金や財務面で何を確認すべきか知りたい」

このようなお悩みがございましたら、ぜひ当事務所にご相談ください。

早い段階から準備を進めることで、選択肢を広げ、納得できる事業承継につなげることができます。

参考記事・関連情報

• 日本経済新聞「中小の事業承継、悪質なM&A仲介排除へ　強制調査など法整備検討」（2026年10月9日付）
  記事はこちら（日本経済新聞）
  ※記事の閲覧には有料会員登録が必要な場合があります。
• 中小企業庁「中小M&Aガイドライン」
  公式ページはこちら

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